Das Gebiet der Insel Gstütt kann grob in drei Gebiete aufgeteilt werden. Der westliche Teil, welcher deutlich trockener ist, als der Rest der Insel. Hier findet man vor allem Sportanlagen, Kleingärtenanlagen und Ackerbau. In Nord-Süd Richtung wird dieser Teil von einer Eschenallee durchzogen. Dies war der frühere Pilgerweg zwischen Straubing und Sossau. Aufgrund schwerer Erkrankungen der Bäume werden die Eschenbestände in Eichenpopulationen umgewandelt. Der östliche Teil ist im Gegensatz dazu deutlich feuchter. Der Teil im Süden ist besonders von Bebauung geprägt.

Zentral auf der Insel befindet sich eine Streuobstwiese, der so genannte Sparrergarten. Sie ist geprägt von zahlreichen alten Höhlenbäumen, welche zum Beispiel für Spechte, Fledermäuse und Insekten von zentraler Bedeutung sind.

Das landschaftliche Erscheinungsbild ist seit den 1955er Jahren von angelegten parkähnlichen Bepflanzungen geprägt. Damals wurde es bewusst als Erholungsgebiet genutzt. Das Ziel war die möglichst kleinräumige Gestaltung der Auenlandschaft, ohne dabei die Sichtbeziehungen auf den Bayerischen Wald oder die Stadt Straubing zu verlieren.

Im Nordwesten der Insel liegt die „Vogelau“, ein ökologisch wichtiges Gebiet der Stadt Straubing. Die hohe Strukturvielfalt zum Beispiel die Altwässer der Donau, naturnahe Auwaldbestände, Verlandungsbereiche, welche sogar im 19. Jahrhundert noch Wasser führten, sowie extensiv bewirtschaftete Auwiesen sorgen für eine hohe Artenvielfalt in diesem Gebiet. So wurden hier insgesamt 70 Vogelarten als Brutvögel bzw. Nahrungsgäste erfasst. Weiterhin gezählt wurden 12 Schmetterlingsarten, 20 Libellenarten, 10 Heuschreckenarten sowie 3 Amphibienarten.
Die Ufersäume der Donau und die Gehölzbestände der Gstüttinsel unterliegen als geschützte Landschaftsbestandteile gesetzlichem Schutz. Diese sind zusammen mit den Wasserflächen und Wiesen des Gebietes gleichzeitig Teil des Natura2000-Schutzgebietsnetzes der EU.

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